1.顺利通过硕士学位授予单位立项建设验收学校。 2006年全面启动申报硕士学位授予单位工作；2009年3月，学校以综合评分第一的成绩确定为江西省2008～2015年唯一硕士学位授予权立项建设单位； 2011年顺利通过中期检查。2013年1月16日国务院学位委员会学科评议专家组对我校立项建设硕士学位授予单位进行终期验收，并顺利通过验收；2013年8月国务院学位委员会正式批准我校为硕士学位授予单位，基础医学、临床医学等2个一级学科为硕士学位授权学科，实现了几代赣医人的夙愿。
2. 实施处级干部竞争上岗。 3月至5月，学校党委实施处级干部竞争上岗工作方案，通过笔试、面试、培训、考察等方式，择优选任了18名正处级和10名副处级干部；同时选拔9名正副处级干部，调整充实了3所直属附属医院领导班子。全年选派14名处级以上领导干部或博士到省委党校等学习培训， 4名年轻干部到基层开展“三送”活动或挂职锻炼；举办各级各类培训班17期，培训学员1984人，干部队伍素质和结构得到改善。
3. 评选表彰首届教学标兵。 3月至6月，学校开展首届教学标兵评选工作，经过学生投票海选，各学院党委考核推荐，学校教学督导审查和教案、讲稿、课件评审，说课、课堂教学比赛等六个环节，基础医学院李启华和药学院丁冶春脱颖而出，以总分第一、第二名的成绩夺得学校首届教学标兵，李小波、罗晓婷等12人获教学标兵入围奖，并分别给予每人2万元和5000元的奖励。教师节期间，学校隆重举行首届教学标兵颁奖大会，对获奖教师进行表彰和奖励。
4.学校荣获“江西省第十三届文明单位”称号。 6月9日，中共江西省委、江西省人民政府表彰全省第四届文明城市、文明村镇和第十三届文明单位，我校被授予“江西省第十三届文明单位”称号。自1989年以来，学校11届获此殊荣。
5.国家社会科学基金项目实现零的突破。 6月，全国哲学社会科学规划办公室公布2013年国家社会科学基金立项项目，我校黄林邦教授主持的“赣南苏区基层医疗卫生服务体系构建研究”和刘善玖教授主持的“中央苏区医疗卫生工作研究”获得立项，资助经费共计36万元，实现我校国家社科基金项目零的突破。
6.党的群众路线教育实践活动取得显著成效。 7月12日，学校正式启动为期半年的党的群众路线教育实践活动，活动覆盖面达到100％，顺利完成各个环节的工作任务。坚持立学立行立改，全校8项专项治理、11项制度建设、96条意见建议已全部办结，活动取得扎扎实实的成效，全校党员干部的宗旨意识进一步增强，工作作风进一步转变，和谐校园建设取得新进展，办学治校进一步规范有序。
7. 召开了学校第一次党代会。 9月26日至27日，中国共产党赣南医学院第一次代表大会胜利召开，大会选举产生了中国共产党赣南医学院第一届委员会和中国共产党赣南医学院第一届纪律检查委员会，确立了“朝着创建医科大学的宏伟目标，立足‘两个提升’，实施‘三步走计划’，建设‘四大工程’，深化‘五项改革’”的发展思路，描绘了今后5年乃至2020年学校的发展蓝图。
8. 教育部专家组深入学校进行临床医学专业认证。 为促进医学教育国际化，完善医学教育质量保障体系，提高医学教育质量，2008年教育部、卫生部颁布了《本科医学教育标准——临床医学专业（试行）》，对医学院校进行专业认证。2012年10月学校向教育部提出认证申请，2013年10月13日至17日，教育部临床医学专业专家组深入学校实地考察，为全国接受专业认证的第13所医学院校，对我校按照医学本科教学标准办好本科临床医学专业、不断提高教育教学质量指明了方向。
9. 我校学子获第十三届“挑战杯”决赛三等奖。 10月13至17日，共青团中央、中国科协、教育部、全国学联主办第十三届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛决赛，我校药学院刘冰晶老师指导，李超、江智伟、刘星等学生完成的《斜脉暗罗、乌药、细基丸、牛蹄豆4种药用植物质量标准建立及活性成分测定》作品获得全国决赛三等奖。这也是我校首次获得该赛事全国决赛奖项。
10. 我校教师获得国家科学技术进步奖二等奖。 2013年度国家科学技术奖励大会在北京人民大会堂隆重举行，我校第一附属医院泌尿外科副主任张国玺博士《肾上腺疾病的微创外科治疗及相关基础研究》荣获2013年度国家科学技术进步奖二等奖，实现了我校国家科技进步奖零的突破。
