为站在高职教育的制高点，实现吉安职业技术学院“借船出海、借梯登高”跨越发展的目标，吉安市政府于2014年4月1日与深圳职业技术学院签订暂定9年的深度合作办学协议，开创了高职院校“跨区合作、优质共享”、“特区带老区、名校助普校”合作办学新模式。深圳职院充分发挥国家示范校的引领和辐射作用，无偿为吉安革命老区职业教育改革与发展服务，双方共同努力，力争在短期内将吉安职业技术学院打造成一所“省内一流、全国知名”的高职院校。
在吉安职院筹建论证初期，就意识到见效容易办学难，办好更难，并开始酝酿借助外援达到高起点办学，充分发挥后发优势。经过吉安市政府与深圳市政府的多次沟通与考察论证，2013年7月，深圳职院与吉安职院签订对口支援协议。同年8月，吉安市政府提出深圳职院全面托管吉安职院的设想，与深圳市政府进行了深入探讨。2014年4月，经过多伦磋商，吉安市政府与深圳职院确定以深度合作办学的方式签订协议。
深度合作办学分为初创期、过渡期和巩固期三个时期，每个时期三年，共九年。深圳职院选派了五人管理团队赴吉安职院担任校长、副校长、校长助理等重要职务，全面指导学校的专业建设、教学管理、实训基地建设、校企合作、科技开发等各项工作。探索“一院（吉安职院）辖四校（吉安师范学校、井冈山应用科技学校、吉安市高级技工学校、井冈山大学附属艺术学校）”、中高职衔接一体化办学模式，整合资源，优化结构，建立新型的运行体制和机制。双方共同组成深度合作办学工作领导小组，实行双组长制，吉安市委书记担任顾问，吉安市市长及深圳职院校长两人共同担任组长；领导小组制定年度目标考核方案并组织考核，每三年委托有资质的第三方机构对吉安职院办学进行评估，深度合作办学期满进行总体评估。
五人管理团队上任以来，主要抓好落实“五个对接”，即专业设置与产业需求相对接，人才培养方案与国家职业标准相对接，课程内容与企业岗位的实际需求相对接，毕业证书与职业证书相对接，职业教育与学生终身学习相对接。
在人才培养模式上，通过校企合力共建专业，开展订单培养，开展顶岗实习，开展技术合作，试行现代学徒制，与47个企业签订了校企合作协议，建成校外实践教学基地16个。在专业建设上，深圳职院选派专业领域的知名教授、专家成为吉安职院专业建设及产学研指导委员会的中坚力量，与吉安职院签订了合作共建9 个专业的合作项目，形成推进吉安职院专业建设的有力抓手。
在师资培养上，深圳职院不间断派出金牌教师、知名教师、专家学者来吉安职院举行讲座和示范性公开课，并下到课堂进行具体教学指导。从2014年4月至今，深圳职院共派出7个专家团队共62名专家前往吉安职院指导与交流，接收吉安职院29名骨干教师前来进修。吉安职院每学期组织10人“赴深职院教师培训小组”进行为期四个月的专项跟班学习。
在产教融合上，以吉安职院名义发起吉安职业教育联盟，目前已有包括吉安市大中型企业、行业及职业院校在内的45家会员单位，用现代职业教育理念搭建起了校政行四方联动的职业教育大平台。
在实训室及图书馆建设上，深圳职院选派专家进行严谨论证，精心作好规划设计，制定实训设备、图书馆设施设备和各类图书购置标准，并捐献了5109册代表国内先进理念和水平的职业教育类专业图书。
与深圳职院深度合作办学开展一年多以来，吉安职院的办学质量得到很大提高，社会影响力日益增强，声誉日隆。
